Desde su creación cuenta con 3 grandes ejes estratégicos de acción:

Escuela de Gobierno

Se propone contribuir al desarrollo de los cuadros estratégicos que el sistema de Salud requiere, a través de programas formativos, promoción e impulso de comunidades, redes y foros; producción, diseminación y aplicación del conocimiento, tecnología e información para las decisiones de política y de gestión del Sistema de Salud.

Redes de Laboratorios

Coordinación y desarrollo de las redes de laboratorio de diagnóstico clínico de Salud Pública y de Bancos de Sangre constituidos como servicios complementarios para establecer diagnósticos, aportando en el análisis de enfermedades trasmisibles como dengue, malaria, infecciones diarreicas, tuberculosis, infecciones de vías respiratorias, así como enfermedades no transmisibles y otros temas como alimentos, agua, y demás que le demande el sistema de salud.

Investigación

Permite profundizar en las causas de enfermedad y las determinantes que giran en torno a ellas parabrindar soluciones científicas, dando pasos cualitativos y cuantitativos, para avanzar como país y al mismo tiempo sufragar la necesidad de atención en salud para los salvadoreños y salvadoreñas. El Instituto Nacional de Salud, es una columna fundamental para los profesionales de salud que buscan aportar en la construcción y desarrollo del país.

Líneas actuales de investigación:

Las áreas de investigación se van ampliando en apoyo a los ejes de la Reforma del sector Salud, respondiendo a las necesidades identificadas por el Ministerio como ente rector.